イソハネカクシ属は砂礫海岸の地下浅層に生息する種群で，汚染のない自然海岸が残る生息地に局地的に分布する。本種は佐賀関半島の礫浜に生息している。九州では唯一、国内では本州の3ヵ所、四国の１ヵ所の孤立した生息域であり、学術的にも注目される。開発や汚染、地球温暖化による海水温上昇の影響など、絶滅の恐れが懸念される。