イソハネカクシ属は砂礫海岸の地下浅層に生息する種群で，汚染のない自然海岸が残る生息地に局地的に分布する。本種は国内では本州の島根県と九州の本県佐賀関の黒ガ浜に孤立して生息しており，学術的に極めて貴重である。開発や汚染、地球温暖化による海水温上昇の影響など、絶滅の恐れが懸念される。