イソハネカクシ属は砂礫海岸の地下浅層に生息する種群で，汚染のない自然海岸が残る生息地に局地的に分布する。本種は佐賀関半島の礫浜に生息しており，国内ではほかに本州の1ヵ所，四国の１ヵ所に孤立した生息地があり，学術的に極めて貴重である。開発や汚染、地球温暖化による海水温上昇の影響など、絶滅の恐れが懸念される。